Działalność naukowa i naukowo-techniczna to trzon działań Fundacji. Wsparcie nauki i techniki jest nieodzowne dla profesjonalnego zarządzania dziedzictwem kulturowym, inwentaryzacji i dokumentacji jego zasobów oraz skutecznej ochrony i promocji. Wśród wielu kierunków działań i możliwości w tym zakresie szczególnym wsparciem objęliśmy inwentaryzację i dokumentację stanowisk archeologicznych oraz zabytków architektury, studia na zasobami archiwalnymi, digitalizację zabytków ruchomych i nieruchomych oraz badania interdyscyplinarne, w których humaniści wykorzystują narzędzia badawcze nauk ścisłych i przyrodniczych.

Ważnym elementem działań Fundacji jest propagowanie wśród społeczności lokalnych poczucia świadomego udziału w kształtowaniu kultury oraz ochrony zabytkowej spuścizny. Dla realizacji tego celu stworzono programy szkoleniowe dla młodzieży szkolnej, seniorów oraz wolontariuszy. Ich zadaniem jest podnoszenie poziomu wiedzy na temat szeroko pojętego dziedzictwa kulturowego, zasad jego ochrony oraz metod badawczych.

W zakresie promocji Fundacja wykorzystuje szeroki wachlarz współczesnych środków pozwalających dotrzeć do jak najszerszego grona odbiorców, stosując równocześnie tradycyjne sposoby popularyzacji oparte na bezpośrednim kontakcie ze społeczeństwem. W działalności promocyjnej, kierowanej do wielu grup docelowych i realizowanej przy użyciu różnych środków, dominuje jeden podstawowy cel czyli popularyzacja dziedzictwa kulturowego oraz wiedzy na temat jego ochrony.

Konkursy Fundacji to element działań promocyjnych i edukacyjnych, których celem jest nagradzanie wiedzy o dziedzictwie kulturowym oraz podniesienie aktywności w zakresie jego ochrony i popularyzacji. Oferta konkursowa kierowana jest do wszystkich, zarówno „amatorów”, miłośników archeologii i historii, którzy chcą rozwijać swoje humanistyczne pasje, jak i profesjonalnych badaczy, którzy odnoszą sukcesy i wykazują ponad przeciętne zaangażowanie w badania nad dziedzictwem kulturowym.

Oferta wydawnicza Fundacji zawiera czasopisma, publikacje monograficzne oraz małe formy wydawnicze, takie jak foldery i broszury informacyjne. Z uwagi na zakres działalności statutowej wydawnictwa kierowane są do różnych środowisk, zarówno profesjonalistów jaki i odbiorcy masowego.

Celem konferencji organizowanych przez Fundację jest integracja środowiska naukowego wokół najważniejszych zagadnień i problemów związanych z interdyscyplinarnymi badaniami nad dziedzictwem kulturowym, ze szczególnym uwzględnieniem tematyki nowoczesnych metod dokumentacji i analiz specjalistycznych. Poza stałą, cykliczną ofertą, Fundacja organizuje konferencje tematyczne, związane z realizacją zadań dotowanych przez Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego.

Fundacja Dajna prowadzi projekty, które są dofinansowane ze środków Funduszu Sprawiedliwości, którego dysponentem jest Minister Sprawiedliwości w ramach stworzonych programów dofinansujących. Poniżej projekty, które Fundacja zrealizowała, bądź w dalszym ciągu realizuje przy współpracy z Ministerstwem Sprawiedliwości.

Projekty Fundacji Dajna, które otrzymały w różnych latach dofinansowanie Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego w ramach stworzonych programów dofinansujących.

Współpraca instytucji naukowo-dydaktycznych i organizacji pozarządowych to dobra praktyka, od lat z powodzeniem stosowana w całej Europie Zachodniej. Fundacja Dajna wpisuje się w ten model działania od samego początku.

Inicjatywa utworzenia Fundacji, która mogłaby realnie, z pasją i jednocześnie profesjonalnie działać na rzecz dziedzictwa archeologicznego Warmii i Mazur, narodziła się podczas badań wykopaliskowych w Łężanach, na Pojezierzu Mrągowskim. Cele jakie wytyczyli w pewien upalny lipcowy dzień Fundatorzy, nie były efektem chwilowego kaprysu, ale realną oceną potrzeb.

Od samego początku priorytetem była ochrona zabytków, edukacja i promocja. Wszyscy mieli świadomość, że warunkiem sukcesu jest integracja środowiska, współpraca z centralnymi i regionalnymi ośrodkami badawczymi, placówkami naukowymi i muzealnymi.

Najważniejszym i naturalnym partnerem Dajny od momentu założenia, jest Instytut Archeologii Uniwersytetu Warszawskiego. To z niego wywodzą się niemal wszyscy członkowie Fundacji i Rady Programowej. To z niego wywodzą się Fundatorzy, którzy nakreślając cele działalności opierali się na doświadczeniach wyniesionym z tej instytucji.

Koordynatorem porozumienia Fundacji Dajna i IA UW jest dr hab. Paweł Szymański. W ramach współpracy realizujemy wspólnie m.in. praktyki studenckie, konferencje i wystawy; w oparciu o materiały z badań Fundacji powstają prace licencjackie i magisterskie; pracownicy IA UW wchodzą w skład zespołów realizujących projekty badawcze Fundacji w ramach programów MKiDN; koła naukowe IA UW prowadzą w oparciu o badania Fundacji autorskie projekty w ramach konkursów Rady Konsultacyjnej i Fundacji UW.